A kupa egyenes kiesési rendszerben kerül lebonyolításra. A legjobb 8 csapat kialakulásáig egy mérkőzésen dől el a továbbjutás. A legjobb 8 csapat kialakulásáig a különböző osztályokban szereplő sportszervezetek mérkőzésén az alacsonyabb osztályú csapat a pályaválasztó. Amennyiben a rendes játékidőben döntetlen az eredmény, akkor az alacsonyabb osztályú bajnokságban szereplő sportszervezet csapata a továbbjutó.
Az azonos osztályában szereplő sportszervezetek mérkőzésén, ha a rendes játékidőben döntetlen az eredmény, akkor 2 x 5 perces hosszabbítás következik. Ha a hosszabbítás után is döntetlen az eredmény, akkor a továbbjutás a büntető pontról végzett rúgásokkal (5-5) dől el a futsal játékszabályainak rendelkezései szerint.
Az 1-2. helyezést elért csapatokat serleggel, oklevéllel és pénzdíjjal (500 illetve 250 ezer forint), a vezetőket és a játékosokat pedig éremmel díjazza a Magyar Labdarúgó Szövetség.
Az első játéknap: 2009. október 21.
(A csapatok megegyezhetnek ettől eltérő, a számukra legmegfelelőbb időpontban is.)
I. csoport csapatai: MVFC Berettyóújfalu, Borsod Volán SE, Ózd VSE, Hajdúdorogi Huszárok, Debreceni EAC, Gyöngyösi Futsal & BSK, Fáklya SE
A párosítások:
Gyöngyösi Futsal & BSK - Borsod Volán SE
Ózd VSE -Fáklya SE
Az elől lévő csapatok a pályaválasztók. Az MVFC Berettyóújfalu, a Hajdúdorogi Huszárok és a Debreceni EAC játék nélkül jutott a 16-os főtáblára.
II. csoport csapatai: Colorspectrum Aramis, Rubeola FC Csömör, Üllő FC Cső-Montage, Gödöllő-Fortuna, FTC-Goldball, Duna Takarék-ETO FC, AC Villám, DTE-Royal FC, Dunaújvárosi Főiskola, ELTE SE, Kartali Futsal SE, Monori SE, Nagykáta SE, Tolna-Mözs, Újpest FC, Wheel-Team SE
A párosítások:
Dunaújvárosi Főiskola - Rubeola FC Csömör
AC Villám - Gödöllő-Fortuna
Újpest FC - Üllő FC Cső-Montage
FTC-Goldball - Duna Takarék-ETO FC
Kartali Futsal SE - Nagykáta SE
Wheel-Team SE - DTE-Royal FC
A Legrand-MetalCom Szentes, a Colorspectrum Aramis, a Monori SE, az ELTE SE és a Tolna-Mözs játék nélkül jutott a 16-os főtáblára.